公元1000年，地处乌南部的布干达地区建立了王国。19世纪中叶，布干达王国成为东非地区最强盛的国家。1894年6月，英宣布布干达为其“保护国”。1896年，英将“保护国”范围扩展到乌全境，并于1907年在乌设总督。1962年10月9日，乌宣布独立，成立乌干达联邦，仍留在英联邦内。1963年10月，乌修改宪法，取消英派驻乌的总督，由布干达国王穆特萨二世任总统。1966年4月 ，奥博特任总统。1967年9月，废除封建王国和联邦制，建立乌干达共和国。1971年1月，阿明发动政变，同年3月就任总统。1979年4月，乌全国解放军攻占首都，卢菜、比奈萨、穆万加先后担任总统或国家元首。1980 年12月，奥博特在大选中获胜，再度出任总统。1985年7月，奥凯洛发动政变，推翻奥博特政权，并出任国家元首。1986年1月25日，全国抵抗军攻占首都，推翻奥凯洛军政权；29日，穆塞韦尼就任总统。

1986年穆塞韦尼执政后，结束乌干达连年内战的混乱状态，建立并逐步完善以乌干达全国抵抗运动(1995年后更名为乌干达全国运动，2003年改为全国抵抗运动组织，以下简称“抵运”)为核心的独特的“运动制”政治体制(为乌特有的一种党政合一的政治制度，它包容各政党、民族、教派和各界人士，允许政党存在，但限制其活动)，力促民族和解，化解宗教矛盾，组成以“抵运”为主，兼顾各方利益的基础广泛的联合政府，政局日趋稳定。2005年7月，乌就保留“运动制”或实行多党制举行全民公决，改行多党制，“抵运”转变为政党；8月，乌议会表决通过以取消总统任期限制为主要内容的宪法修正案。2017年12月，乌议会通过取消总统候选人年龄限制的宪法修正案。2021 年1月，穆塞韦尼以58.34%的支持率第五次胜选连任乌干达总统。目前，乌干达政局稳定，穆塞韦尼执政地位稳固。

乌干达现为非盟安理会改革十国元首委员会(C10)和非洲气候变化国家元首和政府首脑委员会成员，是英联邦、77国集团、不结盟运动、非洲联盟、东非共同体(EAC)、 东南非共同市场(COMESA)和政府间发展组织(IGAD)等组织成员国。2024年1月， 乌干达主办不结盟运动第19次峰会和第三届南方首脑会议并接任不结盟运动、77国集团轮值主席。2024年，乌干达首次达到脱离联合国公布的世界最不发达国家标准，首次达到联合国人类发展指数中等水平，脱离金融行动特别工作组(FATF)受监管国家名单。